Родился 13 мая 1967 года в деревне Савино Бердюжского района Тюменской области.
В Вооруженные Силы призван в мае 1985 года и направлен в пограничные войска. Служба началась в 59 Хасанском погранотряде на Тихом океане.
В Республику Афганистан прибыл в составе сводной команды 10 августа 1986 года. Выполнял боевые задачи в четвертой мотоманевренной группе (ММГ-4) 117 Краснознаменного Московского пограничного отряда (в/ч 2033). Дислоцировались на точке Тути провинции Тахар.
За выполнение интернационального долга Сергей Анатольевич награжден медалью «От благодарного афганского народа», знаком «Воину-интернационалисту». Уволен в запас 25 мая 1987 года
(на фото ниже слева: Чекунов Сергей Анатольевич [сидит справа] с боевыми друзьями в Афганистане [1986];
на фото ниже справа: пограничники-тюменцы Чекунов, Ронжин, Каримов в Афганистане [1986]).
