Родился 24 октября 1962 года в деревне Чирки Казанского района Тюменской области. Восемь лет обучался в местной средней школе, а десятилетку окончил в селе Смирное. В 1980 году поступил в Тюменский сельскохозяйственный институт (ныне — Государственный аграрный университет Северного Зауралья).
В Вооруженные Силы призван 22 ноября 1985 года. Служба началась с автомобильного батальона Забайкальского военного округа, город Борзя Читинской области. На базе части сформировали 2 отдельный автомобильный батальон (в/ч пп 29726) для направления в Афганистан в состав 40 общевойсковой армии.
3 марта 1986 года автоколонны КАМАЗов под номерами 0013, 0014 вошли в южную страну. Место дислокации — вблизи населенного пункта Шинданд (уездного центра провинции Герат), где находился большой склад топлива. Основная задача автомобилистов — подвоз горюче-смазочных материалов для советских частей Кандагарского гарнизона. Обязанность старшего водителя-механика ремонтного взвода рядового Долгих — эвакуация и восстановление неисправных и подбитых машин.
Он выполнил 36 боевых рейсов от Шинданда до города Кандагара (административного центра одноименной провинции). В памяти остался самый сложный участок трассы – «зеленая зона» перед Кандагаром. Ни разу не проходили без боя.
Сергей Алексеевич награжден медалью «От благодарного афганского народа», знаком «Воину-интернационалисту».
Вернулся в Советский Союз вместе со своим батальон в апреле 1987 года. Осенью того же года уволился в запас. Возвратившись домой, трудился в колхозе Чирков, потом — на комсомольской работе (вторым и первым секретарем ВЛКСМ) в родном районе. Работал преподавателем и директором ПТУ села Казанского (ныне — отделение Казанское Ишимского многопрофильного техникума). Удостоился звания «Почетный работник начального профессионального образования». Избирался Председателем Думы района. Сейчас — на административной должности.