Родился 23 июня 1960 года в селе Красноорлово Армизонского района Тюменской области.
12 мая 1980 года призван в ряды Советской Армии. Первые полгода служба в учебной части в городе Москве.
В Афганистан прибыл в октябре 1980 года в 1707 отдельный дорожно–строительный батальон (в/ч пп 35611) 159 дорожно-строительной бригады (в/ч пп 26039) в город Баграм провинции Парван. К этому времени стало понятно, что советские войска всерьез втянулись в афганскую кампанию. Военным дорожникам-строителям отводилась важная роль в обустройстве мест дислокации наших войск, их инженерной защите.
Сергей в составе своего подразделения ремонтировал и строил дороги, казармы, долговременные огневые точки, нес службу по охране расположения части. В ходе службы стал исполнять обязанности заместителя командира взвода.
Награжден медалью «От благодарного афганского народа», знаком «Воину-интернационалисту».
После службы в армии в июне 1982 года сержант Ющенко вернулся в родные края. Сейчас проживает в Тюмени.