Родился 17 февраля 1961 года в селе Исетское Тюменской области. В 1966 году семья переехала в село Успенку Тюменского района. Окончил местную среднюю школу и поступил в Тюменский индустриальный институт (ныне — университет).
С третьего курса ВУЗа в мае 1981 года призван в армию. Служба началась в учебном батальоне связи в городе Кушке, Туркмения.
В Республику Афганистан прибыл 22 июня 1981 года в 101 мотострелковый полк (в/ч пп 51931) 5 гвардейской мотострелковой дивизии в город Герат одноименной провинции. Определили во взвод связи танкового батальона. Батальон стоял повзводно на сторожевых заставах, прикрывая трассу Герат — Шинданд. Также охраняли расположение полка. Связисты обеспечивали устойчивое сообщение между заставами и со штабом полка.
Осенью 1982 года переведен в 650 отдельный разведывательный батальон (в/ч пп 83260) дивизии в 3 разведывательную роту. В ходе боевого выхода в горный массив Луркох в декабре 1982 года рядовой Сергей Плохотников проявил смелость и выдержку.
Награжден медалями «За боевые заслуги», «От благодарного афганского народа», знаком «Воину-интернационалисту».
Уволился в запас в июне 1983 года. Приехал на постоянное место жительства в Тюмень. Около 20 лет проработал водителем автобуса. Неожиданно умер 13 ноября 2020 года.