Родился 12 сентября 1967 года в рабочем поселке Зыково Мордовии. Там стал первоклассником. Семья переехала в деревню Зуи Зуевского района Кировской области. После восьмого класса местной средней школы продолжил учебу в сельскохозяйственном техникуме села Савали Малмыжского района.
В Вооруженные Силы призван 19 апреля 1986 года. В учебной части столицы Туркмении города Ашхабада получил воинскую специальность командира минометного расчета.
В Афганистан прибыл в ноябре 1986 года в 1356 отдельный батальон охраны (в/ч пп 39277) 40 армии в населенный пункт Шинданд провинции Герат. Определили в минометную батарею командиром батальонного 82-миллиметрового миномета.
Подразделение несло службу на заставах по периметру нашей военной базы. Расчет сержанта Никонова привлекали на боевые операции, в рейды. Всегда наносили точечные артиллерийские удары по огневым точкам боевиков.
Сергей Николаевич награжден медалями «За боевые заслуги», «За отличие в воинской службе» I степени, «От благодарного афганского народа», знаком «Воину-интернационалисту».
Вернулся на родину в июне 1988 года в звании старшего сержанта. В 1989 году по комсомольской путевке приехал в Тюмень. Работал в государственных и коммерческих организациях. Умер в 2022 году.