Родился 13 октября 1963 года в селе Шаховское Казахстана. Окончил местную среднюю школу.
В Вооруженные Силы призван 15 ноября 1981 года. Служба началась с учебной части городка Чебаркуля Челябинской области, где получил воинскую специальность наводчика-оператора боевой машины пехоты БМП-1.
В Республику Афганистан прибыл 28 апреля 1982 года в 66 отдельную мотострелковую бригаду (в/ч пп 93992) в район города Джелалабада — административного центра провинции Нангархар. Определили во 2 мотострелковый батальон, дислоцировавшийся в окрестностях Асадабада — главного города провинции Кунар. В пятнадцати километрах — граница с Пакистаном. Бывалые военнослужащие говорили вновь прибывшим: «Край непуганых духов». Как оказалось, «духами» именовали боевиков антиправительственных формирований.
Моджахеды периодически обстреливали расположение подразделения, сторожевые заставы, ставили мины на дорогах. Советские бойцы отвечали проведением войсковых операций, засадами, рейдами. В начале 1983 года батальон перевели на основную базу.
Фанис Минихуджанович награжден медалью «От благодарного афганского народа», знаком «Воину-интернационалисту».
Уволен в запас 3 января 1984 года. Вернулся домой. В 1990-е годы переехал в Российскую Федерацию, село Казанское Тюменской области.