Родился 25 мая 1964 года в городе Тобольске Тюменской области с братом-близнецом Игорем. Семья переехала в Тюмень. Здесь братья окончили школу №34. В 1981 году вместе поступили в Тюменское высшее военно-инженерное командное училище.
Сразу по выпуску 1 сентября 1985 года оба направлены для прохождения службы в Республику Афганистан.
Валерий Евгеньевич стал командиром взвода минирования 154 отдельного отряда специального назначения (в/ч пп 35651) 15 отдельной бригады спецназа, дислоцированного в районе населенного пункта Джелалабад — административного центра провинции Нангархар.
Молодой комвзвода умело командовал личным составом, обеспечивая успешное выполнение боевых заданий другими подразделениями. 29 ноября 1986 года возвращался после лечения болезни из Кабульского госпиталя в часть на военно-транспортном самолете. Воздушное судно поразила зенитная ракета моджахедов. Лейтенант Бондарев погиб..
Он награжден двумя орденами Красной Звезды (вторым — посмертно).
Похоронен на Червишевском кладбище Тюмени. На фасаде лицея №34 установлена мемориальная доска. В музее учебного заведения открыта «Парта Героев». В новом заречном микрорайоне областной столицы теперь есть улица «Братьев Бондаревых» (социальная сеть «ВКонтакте»: «#ПамятиГероев@avanpost72»; сетевое издание «Тюменская интернет-газета «Вслух.ру»»: «В тюменском лицее появилась парта в честь погибшего воина-афганца»).