Родился 25 января 1961 года в селе Глубокое Бердюжского района Тюменской области. Окончил местную среднюю школу.
В Вооруженные Силы призван 28 июня 1979 года и направлен в учебную воинскую часть поселка Светлый города Омска.
В Афганистан вошел 26 декабря 1979 года в составе гранатометного взвода 1 батальона 180 мотострелкового полка (в/ч пп 51884) 108 мотострелковой дивизии в должности механика-водителя боевой машины пехоты (БМП). Место дислокации определили в предместье столицы страны города Кабула.
Младший сержант Шабалин принимал участие в военных действиях в Панджшерском ущелье. В ходе выполнения боевых задач его БМП подрывалась на мине, испытала удар кумулятивной гранаты из ручного противотанкового гранатомета. Но экипаж оставался цел.
Сергей Валентинович награжден медалью «От благодарного афганского народа», знаком «Воину-интернационалисту».
Вернулся из Афганистана в мае 1981 года. Перебрался в Тюмень. Работал водителем на заводе «Сибнефтемаш», водителем-дальнобойщиком. Умер в 2016 году.