Родился 17 июня 1964 года в деревне Логиново Абатского района Тюменской области. Закончил восьмилетку, Абатское ПТУ (ныне — Абатское отделение Ишимского многопрофильного техникума).
Призван на военную службу 12 ноября 1982 года и направлен в учебную часть в город Подольск Московской области.
В Республику Афганистан прибыл 3 мая 1983 года в 692 отдельный дорожно-комендантский батальон (в/ч пп 24026) 278 отдельной дорожно-комендантской бригады на должность водителя ЗИЛ-130 в район населенного пункта Душах провинции Баглан на северном склоне перевала Саланг. Основная задача батальона — охрана и обслуживание тоннеля перевала Саланг и ведущих к нему участков дорог. Первое боевое крещение получил уже 5 мая 1983 года. При доставке молодого пополнения к месту службы, на перевале Саланг колонна была обстреляна. Все остались целы, но понял — попал на войну.
За время службы рядовому Колмогорову приходилось не раз доставлять продукты, воду на посты бригады в районе перевала, несмотря на жару, метель, завалы. В ходе одного из рейсов автомобиль подорвался на мине, Юрий получил контузию. Но через несколько дней вновь был в строю.
Награжден медалью «От благодарного афганского народа», знаком «Воину-интернационалисту».
Закончил службу в Афганистане 9 февраля 1985 года. После увольнения в запас работал на предприятиях Тюмени.