Родился 19 декабря 1961 года в деревне Суклем Упоровского района Тюменской области. Окончил восемь классов школы села Горюново Заводоуковского района и ПТУ села Колесниково (ныне — отделение города Заводоуковска Ялуторовского агротехнологического колледжа).
В армию призван в сентябре 1982 года. Служба началась с учебной части военных связистов города Самарканда (Узбекистан), где освоил работу на средствах специальной связи.
В Афганистан прибыл 4 июня 1983 года в 66 отдельную мотострелковую бригаду (в/ч пп 93992) в город Джелалабад — административный центр провинции Нангархар. Как хорошо подготовленного специалиста определили во взвод связи разведывательной роты.
Осенью 1983 года в ходе сопровождения колонны боевая машина мотострелков подорвалась на мине. Николай Геннадьевич получил контузию. После излечения снова стал в строй. Направлен в зенитную батарею командиром отделения связистов. Зенитчики стояли расчетами на сторожевых заставах вокруг аэродрома Джелалабада и советской воинской базы. Прикрывали от нападений боевиков из «зеленки» и окружающих гор.
За выполнение интернационального долга рядовой Бабушкин награжден медалью «От благодарного афганского народа», знаком «Воину-интернационалисту».
Уволен в запас 6 февраля 1985 года. Вернувшись домой, работал механизатором. В 1998 году с семьей приехал в Тюмень. В 2010 году переехал в село Луговое Тюменского района.