Родился 12 октября 1969 года в городе Ялуторовске Тюменской области. Окончил восемь классов школы №1. Продолжил образование в Ялуторовской вечерней школе.
В Вооруженные Силы призван в ноябре 1987 года, направлен в погранвойска. Положенный срок отслужил в 69 Краснознаменном Ханкайском пограничном отряде Приморского края в должности мастера по электроприборам погранзаставы. Поступил в школу прапорщиков.
По окончании учебы прибыл в Республику Таджикистан в штат 149 гвардейского мотострелкового полка 201 мотострелковой дивизии. В качестве снайпера прапорщик контрактной службы Гончаров участвовал в решении задач по защите таджико-афганской границы. Владимир Анатольевич погиб 13 августа 1994 года в ходе выполнения боевого задания.
Он награжден орденом «За личное мужество» (посмертно).
Похоронен на родине. В память о выпускнике на здании первой школы Ялуторовска установлена мемориальная доска. Его имя высечено на мраморной плите городского памятника участникам локальных войн — часовни в честь Георгия Победоносца (социальная сеть «ВКонтакте»: «В память о герое … установлена памятная доска»; интернет-портал «Путешествуй»: «Часовня в Ялуторовске — памяти участников локальных войн»).