Родился 4 декабря 1961 года в Пермской области. По окончании восьми классов местной средней школы приехал в город Сургут Ханты-Мансийского автономного округа. Там поступил в училище №17 (ныне — Сургутский политехнический колледж, структурное подразделение №2). Получил специальность электросварщика. Работал на Сургутском газоперерабатывающем заводе.
Оттуда 13 октября 1980 года призван в ряды Вооруженных Сил, направлен в погранвойска. После прохождения военной подготовки в Хабаровском крае служил на пограничной заставе на одном из Курильских островов.
В декабре 1981 года прибыл в Республику Афганистан в штат первой мотоманевренной группы (ММГ-1) 81 Краснознаменного Термезского пограничного отряда (в/ч 2099). В должности пулеметчика рядовой Исмагилов принимал участие в защите южных рубежей Советского Союза.
20 января 1982 года в ходе выполнения боевого задания по уничтожению бандформирования в районе населенного пункта Мазари-Шариф (административного центра провинции Балх) Наиф Шарифуллович погиб.
За проявленное мужество он награжден орденом Красной Звезды (посмертно).
Похоронен на родине. Имя выпускника Сургутского училища высечено на мраморной плите монумента погибшим в Афганистане воинам-интернационалистам Тюменской области, ХМАО-Югры, ЯНАО мемориального комплекса павшим защитникам Отечества в сквере Губкина столицы региона — города Тюмени (социальная сеть «ОК»: «Возложение в память орденоносца, участника Афганского конфликта и пограничника…»; сайт газеты «Тан /Рассвет/»: «Солдатская жизнь везде нелегка»).