Родился 9 сентября 1961 года в городе Ишиме Тюменской области. Семья переехала в деревню Новоандреевку Сладковского района. Там окончил девять классов местной школы. Поступил в училище города Омска. По окончании работал слесарем в тамошней строительной организации.
Оттуда призван в армию 1 ноября 1979 года, направлен в Воздушно-десантные войска. Воинскую науку изучал в учебной части ВДВ на территории Литвы. Затем — служил в Азербайджане. После срочной службы остался в Вооруженных Силах, прошел обучение в школе прапорщиков.
В апреле 1985 года прапорщик Сакенко прибыл в Республику Афганистан в штат 317 гвардейского парашютно-десантного полка (в/ч пп 24742) 103 гвардейской воздушно-десантной дивизии в столицу страны город Кабул. В должности старшего техника 8 парашютно-десантной роты 3 батальона участвовал в военных операциях.
29 марта 1986 года при сопровождении транспортной колонны боевая машина десантников подорвалась на мине. Сергей Борисович погиб.
Он награжден орденом Красной Звезды (посмертно).
Похоронен в Новоандреевке. Именем павшего воина-земляка названа деревенская улица. В честь выпускника на здании Новоандреевской ООШ установлена мемориальная доска. В школьном музее оформлен уголок памяти, в одном из кабинетов открыта «Парта героя» (сетевое издание «Трудовое знамя»: «Шагнул в бессмертие»).