Родился 10 сентября 1954 года в деревне Дронова Заводоуковского района Тюменской области. Там окончил среднюю школу, работал учетчиком на местном сельхозпредприятии.
В Вооруженные Силы призван 30 октября 1972 года. После окончания действительной срочной военной службы поступил в школу прапорщиков. Служил на Дальнем Востоке.
В Республику Афганистан прибыл в октябре 1985 (???) года в 122 мотострелковый полк (в/ч пп 65753) 201 мотострелковой дивизии в населенный пункт Ташкурган — административный центр уезда Хульм провинции Балх. В должности командира зенитно-ракетного взвода 1 мотострелкового батальона прапорщик Юдин участвовал в боевых действиях.
13 февраля 1986 года при исполнении служебных обязанностей Иван Афанасьевич погиб.
Он награжден орденом Красной Звезды (посмертно).
Похоронен в городе Ишимбае Башкирии (на родине супруги). Его имя увековечено на мемориальной плите сквера Воинской славы города Заводоуковска и в «Книге памяти воинов-интернационалистов Тюменской области, погибших на территории Республики Афганистан» (интернет-портал «Путешествуй»: «Сквер Воинской славы в Заводоуковске»; скан страницы Книги памяти Тюменской области: «прапорщик Иван Афанасьевич Юдин»).